自治州的水体景观类旅游资源十分丰富，主要有雪山、冰川、河流、湖泊等，其中最著名的首当《新疆旅游业发展与布局规划》中提到“最有开发前景的是帕米尔高原上的慕士塔格峰、公格尔峰、公格尔九别峰，三座开放名山雪峰密集一处，环绕高原秀湖——喀拉库勒湖，冰川规模大，类型多，具有重要的科学考察与观赏价值”。这不仅是自治州最珍贵的水体景观类旅游资源，也是新疆最有价值的旅游资源，在全国和世界上也是十分有影响的旅游资源。

这里雪山冰峰林立，层峦叠嶂，海拔5 000米以上的雪山就有十几座，山顶积雪厚度100多米，山间冰川107块，总面积达1 117.2平方千米，其中最大的羊不拉克冰川群长达20千米，总面积达338.5平方千米。冰面平滑如镜，是世界最高的天然高山滑冰场。

这里遍布大大小小的湖泊，有名的大湖就有10多个，其中最为有名的当首推冰山脚下“姊妹湖”——喀拉库勒湖。

喀拉库勒湖为一大一小两个湖泊，中间有一细小溪流相连，就像一对手拉手的姊妹。喀拉库勒湖曾经有过无数个优美的传说，尤以此湖曾经是西王母所居瑶池一说最引人入胜。成书于春秋战国时期的《穆天子传》一书，详细记载了穆天子西巡的路线、行程及沿途的各种活动。其中，周穆王会西王母于瑶池之上的故事记得十分详细和有趣，而西王母的瑶池就在阿克陶县布伦口乡的苏巴什村。这里是群山聚首之地，是天山和昆仑山及塔里木盆地的结合部，是西王母之邦的政治、经济中心。这里的瑶池是西王母之邦中自然风光最优美的宝地，是西王母会集西域各部落首领议事和会见尊贵宾客的地方。神话小说中的各路神仙会聚瑶池的西天盛会或蟠桃会，也即由此演绎而来。

姊妹湖是有名的变色湖，平时，湖水澄澈碧蓝，但每当乌云遮天，电闪雷鸣，顷刻之间，湖水便会变得墨黑乌亮，成为名副其实的黑水湖。每天早晨朝霞满天，或傍晚夕阳西下时，姊妹湖便一片金黄，随着天气变幻，姊妹湖像一对美丽的公主用最亮丽的时装将自己打扮得美丽娇艳。更令人称绝的是，一年四季，“冰山之父”慕士塔格峰和“冰山公主”公格尔峰、公格尔九别峰洁白晶莹的倒影以不同的身姿、体态伫立湖中，更加增添了姊妹湖的魅力和神采。

姊妹湖畔，是一望无际的高山牧场，繁花似锦，绿草如茵。雪白的羊群，像串串珍珠在绿毯上流动游移，高大伟岸的骆驼和雄健的牦牛迈着沉稳的步履，在姊妹湖畔漫步。

姊妹湖边，山水浑然一体，形成一片无丝毫人工雕凿的原始美，这也是每年夏秋季节游人如织，纷至沓来的原因。克孜勒苏自治州的旅游部门为了方便国内外游客和来自世界各地的登山探险队，已在姊妹湖畔建起具有当地民族特点和地方特点的旅游服务设施，为游客提供优质服务。美丽的柯尔克孜族姑娘，彪悍的柯尔克孜小伙，也大大方方地从草原深处走来，为外宾导游。夜幕降临，她们在姊妹湖畔燃起篝火，与中外游客翩翩起舞，或一展歌喉。

距喀拉库勒湖仅30千米，就是有名的布伦库勒湖。“布伦库勒”在柯尔克孜语里的意思是“山脚下的湖”。三面环山，万代雪山、冰山像白玉屏风般保卫着布伦库勒湖水处女般的圣洁。由于冰山辉映，湖水银光熠熠，整个一个水晶世界。布伦库勒湖像一块璞玉，以其纯贞朴实、自然天成、无丝毫人工雕凿痕迹。它像一颗明珠，以其灼灼光辉和缕缕芳菲而高悬在帕米尔高原上。

恰克拉克湖，位于布伦口乡恰克拉克村，面积约8平方千米，平均水深80米，是帕米尔高原最深的一个湖泊。浩淼的水域，在夏日骄阳下金光灿灿，平湖两侧巍峨矗立的公格尔九别峰，亭亭玉立，楚楚动人，直刺苍穹，仪态高雅，气度非凡；俯视茫茫水域，只见冰峰浴水，晶莹剔透，妩媚可爱。水下是一个琼楼玉宇的世界，令人无限遐思。

帕米尔高原上的湖泊不仅伴有各不相同的美丽传说，而且湖中的生态也大相径庭，这也构成了帕米尔水体景观的一大特点。

自治州水体景观的另一大特点是河流不仅纵横交错，且河水呈不同颜色，境内最大的克孜勒苏河，河水是红色的，曾有赤河、红河之名；叶尔羌河是黑色的，有黑水河之名；盖孜河是灰色的，其名汉译为灰水河；托什干河为白色的，下游即名白水河（阿克苏河）。五彩的山，五彩的河，这是国内外极为少见的独特景观。这众多的河流，可以开展不同类型的漂流。

在阿图什市哈尔峻盆地中，面积90多平方千米的硝尔库勒盐湖、面积50多平方千米的吐孜苏盖特盐湖，阿合奇县喀克萨勒山上大小不等、形状各异的冰湖群，以及奥依塔克的雪山飞瀑、冰斗、冰川、冰洞、暗河等，更是迷人独特的水体景观。

自治州的水体景观最迷人的当数乌恰县托云乡克姆孜苏（柯尔克孜语，意为马酸奶子河）和阿依浪苏（柯尔克孜语，意为马奶子河），水下的卵石上也有一层青白色的结晶体，有的似铁青的陨石，有的光洁如玉。两河在下游相会，一青一白，泾渭分明。

两河的上游河谷中，各有一片泉华群（“泉华”为“石灰华”的一种，即二氧化碳从饱含碳酸钙的泉水中喷涌而出，形成一种五颜六色、五彩缤纷的地貌）。阿依浪苏的泉华群是从河岸的岩石中溢出，其中最大的一处是从一石盆的泉眼中涌出，水花落地形成五彩缤纷的泉华群。克姆孜苏泉华群是在河岸旁一片面积约500平方米的五彩山坡上，远远望去，鹅黄色的山坡上，一条条鲜红色的水纹，有如一条条殷红的血管从山脊的主动脉上分流而出，注入山坡下。那鲜红色的“血管”之中，流淌的都是清澈透明的水。在山坡与河岸相连的河岸上，形成一排排小巧玲珑、晶莹剔透、色彩斑斓的钟乳石，这些钟乳石与石笋、泉华组合在一起，形成了石灰华的典型地貌，不仅造型十分生动，而且色彩十分丰富、艳丽。

泉华属岩溶地貌，在国外称“喀斯特地貌”。而泉华这一独特地貌为世人所罕见，在新疆更是绝无仅有。这一自然博物馆不仅有迷人的观赏价值，更具有很高的科学研究价值。