克孜勒苏柯尔克孜自治州位于新疆维吾尔自治区西南部，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘。自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1195千米；东部与阿克苏地区相连；南部与喀什地区毗邻。全州东西长约500千米、南北宽约140千米，面积7.25万平方千米。

“克孜勒苏”，柯尔克孜语意为“红水”。境内有克孜勒苏河穿境而过，故在自治州成立时，决定以克孜勒苏作为自治州的名字。

2017年，自治州辖阿图什市和阿克陶、乌恰、阿合奇3县。下辖3个街道办事处、39个乡镇（场）。自治州首府是阿图什市。全州总户数157704户，总人口620591人，其中柯尔克孜族162774人、维吾尔族408738人、汉族41404人、塔吉克族6031人、回、乌孜别克、哈萨克等其他民族1644人。

克孜勒苏自治州自古以来就是祖国不可分割的神圣领土。根据境内性质未定的原始文化遗迹和出土的人头骨化石推断，大约早在一万七千年以前，境内即有原始人类活动。到了大约距今6000年左右的中石器时代，境内的先民已经能够打磨细石器，用于狩猎和从事简单的农耕生产。大约在3000年前，我国中原社会已经进入奴隶社会的鼎盛时期，境内仍然处于母系社会的部落联盟状态。同时境内平原地区出现定居农耕文化，山区为狩猎和放牧的游牧文化。据我国史籍所载，中原的黄帝、舜帝、尧帝等都与境内的部落联盟有过密切的交往。《竹书纪年》载“黄帝时西王母献白环，舜帝时又献之”；“尧，西王母献其白王官”；“舜受终西王母献益地图”；《贾谊新书》称：“黄帝涉流沙，登于昆仑，于是还归中国”；尧帝“身涉流沙，地封独山，西见王母，驯及大夏、渠叟”。从这些记载中可以明确看出，境内的西王母之邦等部落联盟与中华古帝从长期的友好往来，最后到人心所向、众望所归、回归中国。

到了秦汉之际，境内的以母系社会为基础的部落联盟逐步解体，以各个绿洲自为体系的从事定居农业的“城廓诸国”以及以从事游牧的“行国”逐步形成。境内的阿图什属疏勒国，阿克陶属桢中国，乌恰属捐毒国，阿合奇属尉头国。汉神爵二年（前60），统治西域的匈奴日逐王先贤掸率部归汉，汉朝政府设西域都护府以统之，从此克孜勒苏即正式划入汉朝版图。三国时期，州境隶属魏国。西晋时隶于西域长史府，东晋十六国时先后隶于前梁、前秦、后凉、西凉等政权。南北朝时隶于北朝，受辖于西戎校尉府。隋朝统一全国后，隶于隋朝，受西突厥王庭的统治。唐平息西突厥之乱后，在境内设蔚头州、疏勒都督府等地方建置，直接隶属于中央王朝陇右道所辖的安西都护府。宋、辽时期分属喀喇汗王朝和高昌政权，后为喀喇汗王朝所统一。13世纪又为西辽所统治。元统一后为察合台后王封地。明代始辖于别失八里的喀什噶尔，后又为叶尔羌汗国所统辖。清初为准噶尔汗国所统治。清政府重新统一并建立新疆省后，分别隶属于阿克苏道和喀什噶尔道。民国时期分属新疆省喀什行政区和阿克苏行政区。

中华人民共和国成立之初，境内仍分属新疆省的喀什专区和阿克苏专区。1954年克孜勒苏柯尔克孜自治州成立，仍隶于新疆省，1955年10月隶属于新疆维吾尔自治区。