自治州地跨纬度大，特别是相对高差达6 520米，境内气候差异极大，垂直变化更加明显，这就形成了极其丰富的生物景观。自治州的生物景观涵盖了高山、高原、盆地、荒漠、戈壁和寒带、亚寒带山地的各种生态系统，珍稀动植物资源较丰富，共有190种（苔藓类除外）植物、244种鸟类及其它动物资源。其中有国家一类保护动物2种、二类9种、三类14种，尚有珍贵稀有鸟类40多种及珍贵稀有兽类多种。

自治州的珍贵稀有植物首推沙冬青。矮沙冬青为豆科、沙冬青属植物，为国家一级保护植物。是1亿多年以前上白垩纪——第三纪残遗植物，在我国仅自治州境内有少量分布，形成极其孤立的植物群落，是新疆境内仅有的一种常绿阔叶灌木树种，极其稀有而珍贵，无论是对科学研究还是对生态平衡及其永续利用，都有重要价值和意义。

阿图什市农区的无花果亦是自治州生物景观类旅游资源的一绝。到自治州首府阿图什市旅游，最吸引人的还是遍布市郊、博古孜河畔的一座座绿荫葱葱、香气四溢的无花果园。

克孜勒苏自治州的又一重要生物旅游资源便是高山原始针叶林景观，这一景观多与雪山、冰川、草场、民族风情融为一体，形成综合旅游景观。森林以天山云杉、冷杉等针叶林为主，伴以卷柏、圆柏、侧柏等常青树种和白桦、山杨等阔叶林树种，以及蔷薇、铁线莲与被子植物，形成高寒山区的绿色景观。此类生物景观在全州四县市的高寒山区均有分布，尤以阿克陶县的奥依塔克、罕德里克及乌恰县的尚亥、阿合奇县的木孜里克，因已形成综合生态景观而最为有名。

乌恰县的尚亥是自治州有名的高山原始森林、草场等生物景观旅游区和消夏避暑的胜地。早在清朝年间，英国驻喀什领事馆就在这里修建加里登避暑山庄，作为其外交人员避暑消夏之地。景区位于乌恰县波斯坦铁列克乡西南6千米处，景区内有巍巍的雪山，莽莽的林海，绿草如茵的草原，并有潺潺流水环绕，海拔不高、山势不陡、交通也颇方便。

自治州的生物景观类旅游资源中，红遍河谷的沙棘林又是一大奇观。沙棘林地境内各河谷均有分布，尤以克孜勒苏河谷和托什干河谷分布面积最大，且形成迷人的生物景观。

阿合奇县城北有大片沙棘林，林中有泉有溪，十分幽静。沙棘林里还杂生大量野生玫瑰和金樱子，以及其他不知名的高寒地区植物，它们有各自的物候期，花开有迟有早，每年4～10月，景色迷人，即使冬天万木萧疏之际，而沙棘却一枝独秀，树叶经霜不凋，枝头浆果累累，殷红似火。

驱车进入阿克陶县奥依塔克河谷，伴着阵阵涛声，首先映入你眼帘的是一簇簇、一片片随风摇曳、婀娜多姿的沙棘林。深秋季节，沙棘果红满枝头，如云似霓、万谷红遍，成为阿克陶境内一处亮丽的风景线。沙棘林在宽阔的沙滩上密密麻麻延绵20千米，蔚为壮观。沙棘林中以沙棘为主，红柳、蔷薇为之相依相伴。林内上有绿荫以遮日，下有绿草以覆地，百花为之吐艳，百鸟为之喧鸣。林中曲径通幽，条条小溪穿梭其间，形成一个个河汊，犹如江南水乡泽国的众多港湾。远处群山，山顶戴雪，起伏延绵。在阿克陶县的奥依塔克镇，公路两旁，山谷之中，也遍布着片片沙棘林。奥依塔克河两岸层峦叠嶂，挺拔陡峭，似刀削斧劈，雄伟壮观，苍山与沙棘林交相辉映。风起处，寂静的山与流动的沙棘林。似一幅绝美的画；风声、涛声似在演奏着西部历史的进行曲。

位于阿图什市哈拉峻巴格苏盖800年前的古代人造柳树林虬曲蜿蜒，盘根错节，中央电视台曾在新闻联播中专门介绍，也是吸引游人的独特的生物景观。

柳树林距哈拉峻乡政府驻地约26千米，占地数十亩。进入林中，呈现在人们面前的是一个幽深清凉的世界。映入人们眼帘的，尽是千姿百态、奇形怪状的柳树：有的傲然矗立，直刺苍穹，如一个威风凛凛的勇士；有的婀娜多姿，如一个体态轻盈的仙女，在绿色的草毡上，舒展开长长的舞袖翩翩起舞；有的倒伏于地，似出浴的少女在草地上小憩，树顶浓密的柳枝，是她乌篷的长发。更有众多粗大的树根裸露在草地上，那一条条纵横的乌黑锃亮的树根，在绿茵茵的草地上盘根错节，构造出一幅幅优美的造型：有的如蛟龙入海，有的如鳄鱼当道，有的如雄狱长啸，有的如身披铠甲的武士……

对这片古树的树龄，林业部的专家曾作过科学的测定，确定至少是距今800年的人造柳树林。

高山草原，是自治州更加迷人的生物旅游资源。其中最有名的，一是天山峡谷的天然高山牧场阿合奇县托什干河谷草原；二是帕米尔高原的乌恰县玉其塔什草原。这些草原是柯尔克孜族世代的游牧地，浓郁的柯尔克孜民族风情，融入景色秀美的自然景物中，浑然一体。玉其塔什草原也是南疆地区最大的高山草原，以其秀美的自然风光而被收入《中国风景名胜大观》一书中。

群山环抱中的玉其塔什，绿草如茵，望不到边，看不到头，像是绿色绒毯铺向遥远的天际。清晨，整个草原被乳白色的雾霭笼罩着，草叶上挂满了晶莹的露珠，空气清新而湿润，漫步在晨曦中的草原上，会使人心醉。不一会，东边的太阳腾空出世，万道霞光洒射到草原上，红的砂岩，绿的草毯，再加上以柯尔克孜毡房里冒出的缕缕白烟，把草原装点的更加秀丽。在这里，人们可尽情领略这大自然的绮丽景色。