汉代以前，今境内阿图什属疏勒国，阿克陶属桢国，乌恰属捐毒国，阿合奇属尉头国。西汉神爵二年（前60年），统治境内的匈奴日逐王先贤掸率部归汉，从此现自治州境域即正式划入汉朝版图，隶属于西域都护府。

州境地处祖国西部边陲，在漫长的历史长河中，既有中央集权的统一统辖，又有封建地方势力的割据，加之民族的迁徙，部落的兼并，外来力量的侵略，成为我国历史上群雄称霸、纵马逐鹿的疆场。虽几经分合，始终是我们伟大祖国神圣领土的一部分。

克孜勒苏柯尔克孜自治州成立于 1954年7月14日，是根据中国人民政治协商会议制定的《中国人民政治协商会议共同纲领》关于“各少数民族聚居的地区，应该实行民族区域自治”的规定成立的以柯尔克孜族为自治民族的多民族自治州。

自治州的行政地位为专区级，所辖4个县。阿图什县和乌恰县，由喀什专区划入，阿合奇县由阿克苏专区划入，阿克陶县是由喀什专区蒲犁县的二、四区，英吉沙县的六、七、八区，疏附县乌帕尔区的居勒巴西乡，色尔亥台区喀热开其克乡、塔什米勒克区的奥依塔克乡，乌恰县三区的六、七乡（克牙克巴乡、木吉乡）析置筹建。这4个县皆为柯尔克孜族聚居区。

自治州成立时称为克孜勒苏柯尔克孜自治区，辖于新疆省；1955年 2月新疆维吾尔自治区成立后，克孜勒苏柯尔克孜自治区改称自治州，辖于新疆维吾尔自治区。

至2007年6月底，克州辖一市三县（阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县）、37个乡（镇）场（其中牧区26个）。自治州首府设于阿图什市。

位置面积

克孜勒苏柯尔克孜自治州位于北纬 37°41’28”～41°49’41”、东经 73°26’05”～78°59’02”之间。地处祖国最西部边疆，新疆维吾尔自治区西部。自治州西北部处于昆仑山、西天山的崇山峻岭之中，东南部是塔克拉玛干沙漠边缘古老的喀什噶尔绿洲的上缘。

自治州境北部和西部与吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦两个国家接壤，有长达1170千米的边境线；东部与阿克苏地区的乌什、柯坪两县相连；南部与喀什地区的喀什市、巴楚、伽师、莎车、英吉沙、疏附县及塔什库尔干塔吉克自治县毗邻。全州东西长约500多千米，南北宽约140多千米 ，总面积约7.09万平方千米。

辖区范围

克孜勒苏自治州的辖区范围从东北部吉尔吉斯斯坦及乌什县交界的别迭里山口起，向西南直到与塔吉克斯坦及塔什库尔干塔吉克自治县交界的乌孜别里山口，绵延一千多千米。外与两个国家接壤，内将阿克苏、喀什两个地区环抱其中。辖区内包括天山南脉、帕米尔高原、昆仑山脉、塔里木盆地西缘。

辖区内平原宽阔，高山林立，新疆有名的“冰山之父”慕士塔格峰及公格尔峰、公格尔九别峰及阔克萨勒岭、萨雷阔勒岭均在辖区之内。境内海拔最低处1197米，最高处7719米 ，相对高 差 达6522米。