区域划分

2000年，自治州共辖阿图什市及阿合奇、乌恰、阿克陶县，下设 5个镇，2个街道办事处，32个乡，223个村民委员会及州直属地方国营种羊场1个。

国家对克孜勒苏柯尔克孜自治州行政区域的划分原则是，依自治民族聚集居区域划分，凡自治民族聚居的地方尽量划入自治单位。克孜勒苏柯尔克孜自治州是以柯尔克孜族为自治民族的，故在行政区域的划分上，首先是乌恰全县和阿合奇全县这两个柯尔克孜族聚居区，然后考虑的才是其他因素。阿克陶县的析置建立，也是以柯尔克孜族聚居区为原则的，故也划入境内。而阿图什县的划入，是既考察了自治民族的原则，又结合了经济发展、地域的连贯等因素。1953年新疆省的《民族区域自治实施计划》在初定时则是阿图什县的柯尔克孜聚居区，这便是纯民族因素。在筹备过程中经综合考虑之后，才于1954年6月17日决定将阿图什全县划入柯尔克孜自治州。

区划变更

1976年，新疆维吾尔自治区党委、革委会决定：将自治州所属阿克陶县划归喀什专区。原阿克陶县境内的奥依塔克公社和哈热开其克公社的居鲁克巴西大队划入州种羊场（县级建制）管理，仍隶属于自治州。同时，将喀什专区的伽师县及县境内的地方国营农场伽师总场（县级建制）划入克孜勒苏自治州。

1980年，自治区党委、人民政府决定：恢复阿克陶县和伽师县原来的行政归属，阿克陶县仍划归克孜勒苏自治州，奥依塔克公社和居鲁克巴西大队仍交阿克陶管理。同时，伽师县及境内的伽师总场仍划归喀什专区。

1984年4月，自治州红旗一场、二牧场划归生产建设兵团农三师。